《柳生武艺帐》由“水月”和“浮舟”两卷组成，表面上是柳生新阴流剑法秘籍，但实际上是一旦公开就会引发天下大乱的秘密文书。江户柳生府邸保存着“水月”卷，京都五条中纳言府邸则保存着“浮舟”卷，而柳生新阴流的宿敌疋田阴流山田浮月斋一伙人正觊觎着这两卷武艺帐。。。

江户幕府时期，为牵制非亲藩地方外样大名，德川幕府决定从西班牙购入2500支新式火枪，但装货的御用船在海上被一伙来历不明的水军偷袭，这批枪被抢劫一空。幕府大怒，命柳生十兵卫尽早破案查明真相。十兵卫通过武艺帐忍之卷召集全国各地64名柳生门人齐聚江户，等待他们的，将是一场残酷的恶战。。 。

柳生一族因为武艺高强一直都受到德川家的信赖依重，但也因此受到来自各方的觊觎。由于外传世间有三卷武艺帐隐藏了对柳生家极为不利之证据，引发各山头势力积极追查武艺帐下落……

柳生新阴流的门派秘宝“柳生武艺帐”分为两卷，一卷“水月之卷”保存于江户柳生道场，另一卷“浮舟之卷”则流落于江湖不知去向。江湖传闻只要将两卷合一，便能知晓柳生武艺帐所隐藏的天大秘密！面对各方势力都觊觎这两卷神秘卷轴的严峻复杂形势，柳生十兵卫能力挽狂澜吗？

某日，柳生家的剑法秘籍《柳生武艺帐》被幕府高官指认为是当年诸大名企图颠覆幕府的谋反连判状，柳生家主但马守受到了老中土井大炊守和若年寄稻叶美浓守的问责，而与柳生家有姻亲关系的大老松平伊豆守也受牵连，柳生家因此陷入绝境。但马守请求大将军给予宽限期，并命令十兵卫等人查明真相。然而，十兵卫遭到了宿敌疋田阴流，霞之忍者，以及某神秘刺客团的多方夹击。。。

某日，柳生家的剑法秘籍《柳生武艺帐》被幕府高官指认为是当年诸大名企图颠覆幕府的谋反连判状，柳生家主但马守受到了老中土井大炊守和若年寄稻叶美浓守的问责，而与柳生家有姻亲关系的大老松平伊豆守也受牵连，柳生家因此陷入绝境。但马守请求大将军给予宽限期，并命令十兵卫等人查明真相。然而，十兵卫遭到了宿敌疋田阴流，霞之忍者，以及某神秘刺客团的多方夹击。。。

近卫十四郎主演《柳生武艺帐》系列第六弹。在阿苏路上聚集着企图颠覆幕府的逆贼们。独眼剑豪柳生十兵卫手持水月秘剑前来！为了幕府的安定，追寻被夺走的武艺帐，在九州阿苏火山山脉展开一场生死搏斗！！ 　　幕府《参勤交代》制度颁布以来，各藩对这一明显有针对性的严苛独裁制度大为不满。柳生十兵卫向代表各藩提出异议的九州岛津家当主岛津光久承诺：幕府绝不再对各藩进行取缔。然而，曾经的阿苏豪族有马隼人正一伙为了颠覆幕府，继续暗流涌动。。。

恩師、小野先生暗殺されるの知らせを聞いた神子上源四郎は兵法修業の旅から急ぎ江戸へ帰った。将軍家狩猟場駒場野において、小野先生逝き後柳生へ走った小野道場の四天王と遭遇、一瞬のうちに四剣士を倒した。源四郎は駒場野のはずれにある古びた屋敷を訪れ食を乞うが、応待に出た娘美音の仄白い横顔に自分と同じ孤独の影を見出した。その時、源四郎は美音の姉糸耶に襲われるが軽くかわして去った。江戸に入った源四郎は、老爺を馬蹄にかけた若衆を取り押さえた。それは将軍家の妹、加寿姫だった。その夜、源四郎は孤児の彼を育てあげた養い親松平伊豆守の屋敷を尋ね、小野先生暗殺の裏には、柳生一門と幕府大奥の癌春日局の力が動いていることを知った。更に伊豆守から春日局の暗殺を頼まれる。この時源四郎は、天井裏に潜む卍の黒兵衛という稀代の怪盗を捕えた。黒兵衛は、源四郎の人柄に惚れて家来になった。折から春日局は大奥の女中を率いて駒場野にうずら狩りを催す。源四郎より一瞬早く、局に向って糸耶が狙撃した。柳生一門に囲まれた糸耶を源四郎は青松寺に救出した。そこで、小野道場の跡を継いだ高垣弥九郎から果し合いを申し込まれ、弥九郎の片足を斬り落した。弥九郎から小野先生暗殺の下手人が柳生但馬であると教えられた源四郎は、但馬守を襲うが捕えられて牢に入れられる。その時但馬守から、下手人は風早竜馬という浪人者であることを知らされた。源四郎は、牢内で原主水というキリシタンと会い、吉原の京紅屋にいるという娘紅葉太夫に遺品の十字架を託された。その夜、黒兵衛の機智によって救出された源四郎は紅葉太夫に遺品を届けた。竜馬は源四郎に兵法者として決闘状をつきつけた。その上、黒兵衛、紅葉太夫を殺害、美音を吉原に売りとばし糸耶を人質にした。これを知った源四郎は、京紅屋から美音を身請けし竜馬との決闘の場駒場野へ向った。夜明け、木枯吹きすさぶ駒場野－－源四郎は高垣弥九郎ら小野道場の一派を斬り捨て竜馬と対決した。しかし源四郎の破邪の剣は一瞬のうちに竜馬を二つに割っていた。

本片是《柳生武艺帐》（《风虎云龙传》）的延续。隐术派的千四郎，受浮月斋之命，到荒山找出多三郎与夕姬夺取《剑秘图》。原来《剑秘图》为一个农民所拾，后卖给了一个卖艺者法眼。法眼知其重要，便把它藏起来。有一天，法眼把《剑秘图》送给千四郎，觉得他有统治天下的才能，千四郎很高兴便决定和法眼一起闯天下，再不顾浮月斋了。他更向柳生十兵卫决斗，各出《剑秘图》一卷，胜者可得对方所有者。柳生十兵卫终为千四郎所杀。突然浮月斋的伏兵向千四郎杀来，把千四郎砍伤，还把法眼刺死了，幸好得多三郎和兵库介闻风所救，至免一死。

飞鸟井时光是一位对幕府抱有反感的青年公家。他得知《柳生武艺帐》实际上是幕府的暗杀指令书后，决定设法获取这本书以揭露柳生家的真面目。另一方面，察觉到这一危机的柳生十兵卫，在寻找《武艺帐》的过程中，遭遇了受时光之令前来索命的一生宿敌——疋田阴流的浮月斋。。。